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          從“試錯”走向“設計”,中國學者探索合成生物學發展新階段

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          日期:2021-10-11 23:07:02    來源:科技日報    

          科技日報記者 張佳星

          合成生命,到底“難不難”?

          此前引起轟動的人工合成淀粉“吸粉”無數,卻鮮有人了解人工合成效率比天然合成高7倍的成果背后是國內外合成生物學家十多年“設計-合成-測試-學習”的反復“試錯”。

          可以不可以少試錯甚至不試錯,告別合成生物學現今的類似“手工作坊”階段,讓下一次的“合成”實現理性設計、功能預測?

          “預測的前提是對生命過程的‘真理解’,在‘真理解’基礎上建立模型,設計合成,才能提高實現預期目標的效率。”在日前召開的香山科學會議上,中國科學院院士、分子微生物學家趙國屏告訴科技日報記者,這將是合成生物學下一個階段的目標。

          與會專家認為,應通過建立定量理論模型、形成人工智能數據集、利用工程生物學平臺等研究新范式,把合成生物學推向定量合成生物學的新發展階段。

          從一個迫在眉睫的應用說起

          “細胞治療做了這么多年,感覺要做不下去了,但有了合成生物學,感覺希望又來了。”中國工程院院士、中國科學技術大學生命科學學院教授田志剛所言非虛。“細胞”作為一種活的藥物,進入體內后只有“聽話”甚至“有智慧”,才能夠踏踏實實地落地臨床。

          可設計、可操控、可預測,是細胞作為藥物被批準應用于人體的一個重要條件,同時也是合成生物學的目標。

          田志剛舉了一個例子:現在上市的、有望治好B淋巴瘤的CAR-T細胞療法,主要去殺死帶著CD19“特征”的B細胞淋巴瘤,想象派一隊拿著“畫像”的搜查小分隊,追查一個臉上“帶痦子”的細胞,這個小分隊看見“帶痦子”的細胞就殺。那么問題來了,人體內的免疫B細胞都“帶痦子”(即帶有CD19標記)。“治療結果不僅人體內正常的B細胞連同B細胞淋巴瘤一起被干掉了,病人不得不輸入免球蛋白以維持生命;而且往往由于派出的‘殺手’過多,帶來危險的副作用。”田志剛說。

          但人類設計的CAR-T細胞小分隊卻可以攜帶“邏輯門”線路,判斷治療過程中出現副反應可能性的“邏輯”,從而在關鍵階段,自動終止派出殺手。“光、熱、聲、電、磁、化學物等未來都可能用來調控細胞藥物,實現可設計、可預測,其醫療價值非常巨大。”田志剛說。

          設計能力有限,仍靠海量“試錯”

          “合成生物學的發展,使得構建可控、復雜的人工生物系統成為可能。”中國科學院深圳先進技術研究院研究員劉陳立說。但他也道出了當前面臨的問題:DNA測序、DNA合成、基因編輯技術的不斷革新,使得合成能力飛速提升,然而設計能力卻依然十分有限。

          設計能力有限,造成了現在合成生物學高度依賴海量“人工試錯”的局面。

          “絕大部分人工生物系統的構建與優化仍然依賴于反復試錯,缺乏理性設計的能力,難以實現定量可控。生物系統的復雜度越高,理性設計能力越缺乏。”劉陳立說。

          可見,海量“人工試錯”階段,不僅“定量可控”難以保質保量實現,還限制了合成實現復雜目標的系統。

          直白地說,這個階段,距離想合成一臺“生命計算機”還差得遠。

          實現可預測、可設計,需合成與定量融合

          那么,哪個階段才能設計出類似于計算機的復雜、嚴謹的合成生命系統呢?與會專家認為,合成生物學應該探索走向定量合成生物學階段。

          “定量生物學的概念很早就有,現在是要理性地把定量的模型作為合成的指導,而又用合成測試來驗證定量模型,這種‘融合會聚’就是定量合成生物學。”趙國屏解釋,這是合成生物學學科在理論架構和技術體系上的進階。早在2008年,趙國屏前瞻性地在中科院成立了中國第一個“合成生物學重點實驗室”。

          如何進行定量?得益于分子生物學、大數據、人工智能等學科的發展,與會專家提出了以人工智能機器學習為核心的“黑箱模型”與以實驗為基礎的維象理論構建結合工程驗證的“白箱模型”兩種途徑。

          例如,“黑箱”模型就是利用機器學習算法的快速解析優勢實現,實現合成生物學的理性設計和功能預測。

          告別“手工作坊”將為合成生物學帶來更深厚學科責任。它不僅承載了人類對自然、對生命的認知。“合成生物學的社會屬性體現在回饋社會、回應社會關切,”中科院生物物理所研究所研究員張先恩指出,通過定量合成生物學,支撐普遍實現合成生物學的目標,將最終實現理解生命機制(造物致知)和回饋人類社會(造物致用)。

          關鍵詞: 試錯 走向 設計 中國

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