據(jù)中國農(nóng)科院最新消息，該院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所動(dòng)物功能基因組學(xué)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，提出一種利用外切酶組合(又稱“分子剪刀”)降低三維基因組學(xué)系列技術(shù)(C-技術(shù))“噪音”的新策略，可有效提高基因功能解讀準(zhǔn)確性。相關(guān)成果新近在線發(fā)表于《核酸研究(Nucleic Acids Research)》雜志。
團(tuán)隊(duì)首席、中國農(nóng)科院深圳基因組所研究員張玉波介紹，近年來，用染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)(C-技術(shù))來解讀基因功能，在三維基因組學(xué)中得到了非常廣泛的應(yīng)用。3C、4C、5C和Hi-C等一系列C-技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生;但所獲得的基因互作假“陽性”比例較高，相當(dāng)于“數(shù)據(jù)噪音”，影響了解讀準(zhǔn)確性。
該項(xiàng)研究篩選了一系列高效的外切酶組合，可以有效地消除線性DNA及后續(xù)測(cè)序結(jié)果中的“噪音”來源，提高解讀準(zhǔn)確性。在標(biāo)準(zhǔn)Hi-C中驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)，可以將鄰近連接后體系中的有效互作模板比例從約40%提高到約80%。該策略可以在不同的C-技術(shù)中加以應(yīng)用，預(yù)期均會(huì)有效降低技術(shù)“噪音”。
研究得到國家青年特聘項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金、國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程和大鵬新區(qū)等項(xiàng)目資助。(記者 瞿劍)
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